암모니아성 질소는 모든 수생동물의 피부와 아가미를 통해 배출되는 독성물질이다. 또한 사료 찌꺼기와 배설물로부터도 발생된다.수중의 암모니아성 질소는 질소순활사이클에 의해 아질산과 질산성 질소로 전환되어진다.
암모니아성 질소의 농도가 높으면 물고기가 스트레스를 받고 아가미와 지느러미가 손상되며 병에 대한 저항성이 약해진다. 암모니아성 질소는 어류에 대한
독성이 강하여 항시 0ppm을 유지하여야 한다.
암모니아의 농도가 0.01ppm만 되어도 예민한 열대어는 스트레스를 받으며 일부 열대어는 죽게 된다.
암모니아성 질소의 독성은 대개 급성증상으로 나타나는데 요동하듯 빠르게 헤엄치고 호흡이 빨라지며 심할 경우 수족관 밖으로 튀어나오게 된다. 또한 만성적 증상은 아가미와 표피에 손상이 오고 색깔이 흐려진다.